Al año siguiente marchó a Filipinas, completando sus estudios en la Universidad Santo Tomás de Manila.
Volvió nuevamente a Manila en 1878, ocupando el cargo de Rector y Canciller de la Universidad Santo Tomás hasta 1880, año en el que vuelve a España.
En 1882 protagonizó una polémica con Marcelino Menéndez Pelayo, por haber mostrado este ciertas dudas sobre la filosofía tomista.
El padre Fonseca sostenía que esta era la única filosofía verdadera y el año anterior había publicado, en defensa de esa tesis, la obra «Triduo o Ramillete dedicado a Santo Tomás de Aquino».
Según Juan Marín del Campo, el padre Joaquín Fonseca fue uno de los grandes tomistas españoles contemporáneos, junto con Juan Manuel Ortí y Lara y los también padres dominicos fray Ceferino González y fray Norberto del Prado.