El ducado se convirtió en el Estado Libre de Anhalt.

Tras su muerte, la jefatura de la Casa Ducal de Anhalt estuvo disputada entre su hijo mayor, el príncipe Federico (Friedrich), y su hermano, el príncipe Eugenio (Eugen).

[1]​[2]​ El duque Joaquín Ernesto se casó dos veces: la primera vez con Elisabeth Strickrodt (1903-1971) en 1927, pero se divorciaron en 1929.

Contrajo segundas nupcias con Editha Marwitz von Stephani (1905-1986) en el castillo de Ballenstedt en 1929.

Tuvo descendencia con su segunda esposa: Ducado de Anhalt Eslovaquia: Servare et Manere, ONG