Juan José Permanyer y Ayats (Barcelona, 1848-1919) fue un político y jurista español.
Su padre fue el jurista Francisco Permanyer y Tuyet, que fue ministro durante el reinado de Isabel II y alcalde de Barcelona, en 1856, y hermano del también abogado Ricard Permanyer i Ayats.
Como especialista en derecho catalán, fue redactor de un proyecto de apéndice del Código Civil.
En 1898 fue diputado en las Cortes Generales por Villafranca del Panadés, siendo vocal de la junta permanente de Unió Catalanista de 1898 a 1901.
Después, se afilió a la Lliga Regionalista y presidió los Juegos Florales de 1901.