[2]​ Durante esta expedición, se cree que fue el primer europeo en haber visto la isla Ascensión (1501), pero no informó de ello.

Sin embargo, João da Nova partió también descontento con Albuquerque, que no accedió a su carta.

Finalmente, João da Nova fue perdonado, porque era necesario y por la valentía que demostró en el ataque contra Mascate, Omán.

João da Nova fue herido en Ormuz, y mostró su temperamento impulsivo en varias ocasiones.

Más tarde, en febrero del 1509, João da Nova participó en la decisiva batalla de Diu, en la que Portugal consiguió la hegemonía en el Océano Índico, donde, junto con su barco Flor de la Mar tuvo un papel decisivo.