En la aventura, el jugador atraviesa numerosos y variados planetas eliminando hormigas alienígenas (o Drones) e intentando salvar una raza llamada Tribals, la cual ha sido esclavizada por Mizar, quien representa el enemigo final y líder del ejército de Drones.
Más tarde, Vela se reúne con el último miembro del Jet Force Gemini, un perro medio ciborg llamado Lupus.
También es necesario hacerse con Floyd, un robot volador que traicionó a las fuerzas de Mizar y lo pagó caro.
El primer objetivo del juego es conseguir que Juno, Vela y Lupus lleguen al Palacio de Mizar siguiendo cada cual su propia ruta.
En este punto, el nuevo objetivo del juego es hacerse con las 12 piezas, volviendo a mundos ya visitados con personajes diferentes y buscando rutas secretas.
Y una vez reparada la Starship, la Jet Force Gemini junto con el Rey Jeff, van a la guarida de Mizar.
Jet Force Gemini en general recibió buenas críticas, aunque no tan elevadas como otros títulos de Rare como GoldenEye 007 y Perfect Dark.