Los 112 hombres que llevó fueron incorporados a la columna del coronel huertista Medina Barrón.
Huerta firmó un decreto dándoles libertad a todos los presos políticos, obteniendo así Morales su libertad, junto con Juan M. Banderas, El Agachado y los coroneles zapatistas Gildardo Magaña y Santiago Rodríguez.
El general Francisco Mendoza Palma, establecido en Ixtlilco, al enterarse de la misión que llevaba, lo detuvo y lo envió al cuartel general de Tlaltizapán, donde fue procesado como traidor a los postulados del Plan de Ayala, le notificaron al detenido que podía nombrar a un defensor pero alegó falta de recursos económicos para hacerlo, aunque posteriormente se designó al coronel Santiago Rodríguez, que lo había conocido cuando ambos estuvieron presos.
El consejo de guerra que lo juzgó estuvo integrado por los generales Manuel Palafox como presidente, Modesto Lozano, Pioquinto Galiz, Emigdio Marmolejo y Santiago Rodríguez; como agente del Ministerio Público fungió Luis Castell Planch.
Morales al escuchar su sentencia pidió que su cabeza fuera puesta como lindero en un ejido, porque «él moría sintiéndose agrarista».