En 1993 disputó la Fórmula Opel Lotus Euroseries, donde sumó tres victorias y siete podios para finalizar cuarto.

[1]​ Magnussen también participó en el campeonato estadounidense de monoplazas CART, al disputar cuatro fechas en 1996 para Penske y siete en 1999 para Patrick.

Sus únicos resultados puntuables fueron un séptimo puesto en Vancouver 1999 y octavo en Laguna Seca 1996.

En 1996, acumuló una victoria y cinco podios para Mercedes, resultando décimo en el campeonato.

Ese año debutó en la recién creada American Le Mans Series, pilotando un Panoz GTR-1 oficial junto a Johnny O'Connell.

Con su Panoz LMP-1 Roadster-S, consiguió seis podios en doce carreras, destacándose una victoria en los 1000 km de Nürburgring.

Por otra parte, llegó retrasado en las 24 Horas de Le Mans, teniendo como tercer piloto al veterano Mario Andretti.

Para la temporada 2004, Prodrive se retiró de la American Le Mans Series, y el danés quedó sin butaca.

Abandonó en las 12 Horas de Sebring, en tanto que obtuvo la victoria en la clase GTS en Petit Le Mans.

Asimismo, corrió cinco fechas de la Grand-Am Rolex Sports Car Series con un Doran-Lexus, obteniendo una victoria y un segundo puesto.

Luego se ausentó durante varias fechas de la ALMS, ya que el equipo estuvo desarrollando dos Corvette de la clase GT2, donde competían las marcas Porsche, Ferrari, BMW, Panoz, Ford y Dodge.

Además, corrió en ocho fechas de la serie Grand-Am para Stevenson, obteniendo una victoria en la clase GT y un cuarto lugar.

Ante la creación del United SportsCar Championship en 2014, Magnussen continuó pilotando un Chevrolet Corvette oficial junto a García.

En 2001 debutó en el Campeonato Danés de Turismos, terminando quinto con un Peugeot 306 al obtener tres victorias y cinco podios en diez carreras.

[1]​ Continuando con un Peugeot 307, Magnussen fue campeón danés 2003 al cosechar seis triunfos y 14 podios en 18 carreras.

En 2007 obtuvo tres triunfos y diez podios en 20 carreras, terminando en la tercera posición general.

En 2008 acumuló ocho victorias y 12 podios en 21 carreras, por lo que obtuvo su segundo campeonato danés.

En 2011 volvió a competir en V8 Supercars, al disputar el Gran Premio de Surfers Paradise con un Holden Commodore como compañero de butaca del veterano Russell Ingall; resultó octavo y 22º en las dos mangas.

En 1992 tuvo a su primer hijo, Kevin, quien ha competido en Fórmula 1 en McLaren, Renault y Haas.