En 1992 pasó a la Fórmula König Alemana, de la que resultó subcampeón ese año y en 1993.

Müller se mudó en 1999 a América del Norte para competir en la American Le Mans Series.

En las 12 Horas de Sebring, llegó cuarto absoluto con un prototipo Porsche 911 GT1 del equipo Champion.

En 2008 volvió a competir la temporada completa de la ALMS, esta vez por el equipo Tafel pero permaneciendo en Ferrari.

Ese mismo año fue sexto en la clase GT2 en las 24 Horas de Spa, en una F430 del equipo británico CR Scuderia.

Müller se mantuvo en Rahal Letterman en 2010 pero pasó a estar acompañado por Joey Hand.

Asimismo, llegó tercero en las 24 Horas de Le Mans, teniendo a Andy Priaulx como tercer piloto.

Müller siguió pilotando un BMW Z4 oficial en el nuevo IMSA SPortsCar Championship 2014.

Disputó la primera fecha de la Blancpain Sprint Series con un BMW Z4 del Team Brazil, obteniendo una victoria y un segundo puesto junto a Maxime Martin.

Además, la dupla contando a Sebastien Bourdais como piloto invitado, ganaron en la carrera en la clase GTE-Pro.