Ante esto, Jiskra movilizó sus fuerzas y pronto conquistó las fortalezas de Lőcse, Bártfa, Körmöcbánya, Selmecbánya, Eperjes, y Késmárk, aislando al rey Vladislao del reino de Polonia, forzándolo a establecerse en Hungría protegido por el famoso comandante militar húngaro Juan Hunyadi.

Cuando falleció Isabel en 1442, Jiskra afirmó que no trasgrediría el juramento hecho al rey heredero, y de esta manera incentivó a las ciudades bajo su control a firmar un acuerdo donde éstas seguirían leales al pequeño rey Ladislao.

En abril de 1444 se llamó a una asamblea nacional de nobles a la cual Jiskra asistió tras ser invitado, puso en riesgo su vida por su comportamiento y actitud hostil contra los nobles húngaros, manteniéndose fervientemente fiel al lado del rey Ladislao.

Para que la paz fuese más sólida, Hunyadi le ofreció su hermana menor viuda como esposa a Jiskra.

Juan Hunyadi movilizó sus fuerzas para contrarrestar las fuerzas de Jiskra que robaban y causaban estragos, pero el comandante checo continuó ejerciendo su control sobre todos estos territorios del Norte, derrotando al regente húngaro tras.

Luego de esto, el rey Ladislao consiguió rodearse de sus nobles y demás partidarios e hizo arrestar a Ladislao Hunyadi, enviando al propio Jan Jiskra por él.

Por otra parte, el tío de Matías, Miguel Szilágyi forzó en Hungría a los nobles a elegir rey al joven prisionero, ya que su padre, como comandante y regente húngaro, había acumulado suficientes méritos, como para que un hijo suyo gobernase en el reino.

Aunque Sebastián Rozgonyi y Ladislao Hédervári vencieron a los comandantes de las fuerzas de Jiskra y ocuparon sus fortalezas, la acalorada guerra del rey húngaro contra el emperador germánico Federico III, pronto reavivaron sus ánimos guerreros.

En 1462 se alió con las ciudades llamadas por Matías, y pronto luego de ser derrotado varias veces por los comandantes húngaros Emérico Szapolyai y Esteban Szapolyai, así como no ver resultados a las promesas de Federico III, Jiskra envió por escrito un comunicado al rey húngaro donde declaraba que volvía a ser leal a él.