Jan era hijo del historiador Isaac Commelin; su hermano Casparus era librero y editor de periódicos.
En su condición de concejal de la ciudad, junto con el presidente municipal Johan Huydecoper van Maarsseveen dirigió el arreglo del nuevo jardín botánico denominado Hortus Medicus, que después se convertiría en el Hortus Botanicus de Ámsterdam.
Commelin hizo un gran trabajo con la publicación de su obra Hortus malabaricus de Rheede, y con Nederlandse Flora publicada en 1683, contribuyendo a los comentarios de los volúmenes segundo y tercero.
También preparó la edición de "Horti Medici Amstelodamensis Rariorum", obra publicada en 1697 y dedicada fundamentalmente a las plantas de las Indias Orientales y de las Indias Occidentales, ilustrada principalmente por Jan Moninckx y por su hija Maria Moninckx.
Su sobrino Caspar Commelin fue director del jardín botánico de Ámsterdam, tras Pieter Hotton.