Cuando Peter Hotton parte para Leiden en 1696, Caspar fue designado en el puesto de botánico del Hortus Botanicus Amsterdam.
Sucederá a su tío Jan Commelin (1629-1692), quien junto con Joan Huydecoper fundan el Hortus Botanicus Amsterdam.
Ruysch hizo arreglos para que en la ciudad de Ámsterdam se pudiera financiar la publicación.
Jan Commelin, basó su trabajo en el sistema taxonómico ideado por John Ray.
En 1724, Caspar Commelijn, mientras era inspector en el Collegium Medicum, tuvo su retrato pintado por Cornelis Troost.