Residió en Emmendingen y en 1590 se convirtió del luteranismo al catolicismo, causando cierta agitación política.

[1]​ A Ernesto Federico le tocó Baden Inferior, incluyendo las dos ciudades más grandes, Durlach y Pforzheim.

Cuando el heredero de Jacobo murió en 1591, Baden-Hachberg pasó a Ernesto Federico.

Gebhard intentó convertir la archidiócesis al luteranismo y se alió con la condesa Inés de Mansfeld-Eisleben.

Jacobo combatió en esta guerra a las órdenes del general español Alejandro Farnesio, duque de Parma.

Más tarde sirvió a las órdenes del duque católico Carlos III de Lorena.

En 1588 la pareja se trasladó desde el Hochburg al más pequeño castillo de Emmendingen.

Durante este período de profunda división religiosa, el margrave vigiló estrechamente los tres campos cristianos: los católicos, los luteranos y los calvinistas.

Sin embargo, solo una semana después, el sano margrave de 28 años murió inesperadamente.

Los acontecimientos que rodean la muerte de Jacobo III ilustran la creciente polarización en materia religiosa.