Fue fundado por el monje japonés (previamente perteneciente a la escuela Tendai), Shinran.
Shinran (1173-1263) vivió durante el período comprendido entre finales de los periodos Heian y principios del Kamakura (1185-1333), una época de agitación para Japón cuando el emperador fue despojado del poder político por los shōgunes.
La familia de Shinran tenía un alto rango en la corte imperial en Kioto, pero en la época, muchas familias aristocráticas enviaban a sus hijos a ser monjes budistas en lugar de hacerlos participar en el gobierno imperial.
Cuando Shinran tenía nueve años (1181), fue enviado por su tío al monte Hiei, donde se ordenó como śrāmaṇera en la secta Tendai.
Las autoridades dieron a Shinran un nombre laico, Yoshizane Fujii, pero en cambio él se autodenominó Gutoku y se trasladó a la provincia de Echigo (actual prefectura de Niigata).
En 1211 se levantó la prohibición del nembutsu y Shinran fue perdonado, pero para 1212, Hōnen había fallecido en Kioto.
La hija de Shinran, Kakushinni, llegó a Kioto con Shinran y cuidó de él en sus últimos años y su mausoleo se convirtió más tarde en el templo Hongan-ji, «Templo del Voto Original».