La invasión de las repúblicas bálticas en junio de 1940 por las tropas de la URSS, forzó su exilio mientras se instalaba un gobierno títere liderado por Johannes Vares que no fue reconocido por las potencias occidentales.

Tanto los Estados Unidos, en aplicación de la doctrina Stimson, como el Reino Unido consideraron ilegal la anexión de Estonia .

[1]​ La detención y deportación en julio de 1940, del Presidente de Estonia Konstantin Päts convirtió a Uluots en Jefe del Estado en funciones según la Constitución.

La invasión por la Alemania Nazi en 1941, llevó a la expulsión del gobierno prosoviético y la instauración de un gobierno de ocupación.

La mayor parte de los miembros del gobierno fue arrestada y deportada a Siberia, mientras que los restantes liderados por Uluots lograron refugiarse en Suecia, donde fue constituido el gobierno de Estonia en el exilio, que tuvo continuidad de 1944 hasta 1992.