Rein llevó a Aschoff al Instituto como colaborador para estudiar los ritmos circadianos en los seres humanos, en las aves y en los ratones.
Luego, este se trasladó al Instituto Max Planck de Fisiología del Comportamiento, en Andechs, para trabajar con Gustav Kramer, que demostró la navegación con brújula solar compensada en las aves, y con Erich von Holst, que estudió los osciladores fisiológicos.
Aschoff era conocido por ser un excelente conferenciante, de poderosa voz, que se interesaba sobre todo por crear una comunidad científica y animar a los jóvenes investigadores.
Falleció diez meses después que ella, en 1998, tras una breve enfermedad, a los 85 años.
Para referirse a estos activadores exógenos que inducen algún tipo de cambio en el reloj interno de un organismo, y que este interpreta como una señal (para dormir, despertarse), el biólogo alemán acuñó el término zeitgeber.
Los sujetos podían encender o apagar las luces según sus propios ritmos internos.
Todos ellos muestran que las fases principales son máximas a mediados del verano para las especie diurnas y a mediados del invierno para las especies nocturnas, y que las fases principales mínimas se producen en el equinoccio.
Asimismo, comprobó que los diferentes registros circadianos, como la temperatura corporal y la actividad locomotora, pueden sincronizarse o desincronizarse internamente dependiendo de la fuerza del zeitgeber.
La conductancia mínima en mamíferos y aves oscila con la fase circadiana, con un amplio rango de valores.
Esto permite a los animales liberar calor durante su periodo de actividad (cuando tienen una tasa metabólica basal más elevada) y conservarlo durante su periodo de descanso, en que registran un metabolismo mínimo más bajo.
El término que Aschoff utilizó para este fenómeno es el de «excitación» por zeitgebers no fóticos.
[15] Aunque la colaboración de Aschoff con Gustav Kramer nunca llegó a realizarse del todo debido a la repentina muerte de este último, Aschoff siguió utilizando las aves como organismos modelo y trabajando con ornitólogos.