La palabra Contoy tiene dos posibles orígenes: de los vocablos mayas Kom (bajo o rehollado) y To´oy (abrigo) términos relacionados con las aguas bajas aledañas a la Isla que brindaban refugio a los marinos; o del vocablo Pontó que en Maya significa Pelícano.Con base en el hallazgo de concheros, conchas y caracoles trabajados y cerámica, se ha calculado una ocupación anterior a 300-200 a. C., antes de que se consolidara la cultura maya en el periodo conocido como "preclásico superior".En la época del general Porfirio Díaz se construyó el faro de Contoy.Gracias a estos esfuerzos los ecosistemas de la isla aún se encuentran intactos.Cada visitante debe solicitar un permiso en las oficinas del parque nacional en Cancún o en Isla Mujeres.