La palabra Contoy tiene dos posibles orígenes: de los vocablos mayas Kom (bajo o rehollado) y To´oy (abrigo) términos relacionados con las aguas bajas aledañas a la Isla que brindaban refugio a los marinos; o del vocablo Pontó que en Maya significa Pelícano.

Con base en el hallazgo de concheros, conchas y caracoles trabajados y cerámica, se ha calculado una ocupación anterior a 300-200 a. C., antes de que se consolidara la cultura maya en el periodo conocido como "preclásico superior".

En la época del general Porfirio Díaz se construyó el faro de Contoy.

Gracias a estos esfuerzos los ecosistemas de la isla aún se encuentran intactos.

Cada visitante debe solicitar un permiso en las oficinas del parque nacional en Cancún o en Isla Mujeres.