Se especializó inicialmente en la pintura y presentó en el Salón de 1848 un Jinete africano atacado por una leona (Cavalier africain attaqué par une lionne), pero posteriormente se orientó más particularmente hacia la escultura, dedicándose a la representación de modelos naturalistas, especialmente pequeños grupos escultóricos con animales.

[cita requerida] Muchos de sus bronces fueron editados por Hippolyte Peyrol, que era su tío político.

Los modelos fundidos por Peyrol, tanto para Rosa como para Isidore están excepcionalmente bien esculpidos, lo que sugiere una fuerte relación de trabajo entre el fundidor y el escultor.

Logró más éxito con sus esculturas de caballos, que se representan generalmente como relajados en lugar de tensos, y que se encuentran entre sus obras más famosas.

[2]​ Entre las obras de Isidore Bonheur se incluyen las siguientes[cita requerida]: