Su abuelo paterno se llamaba Rodrigo Sedeño de Montalvo, quien en agradecimiento por el nacimiento de su hijo Juan, cambió el apellido de este a Ortega para honrar a San Juan de Ortega a quién atribuía el nacimiento.
Rodrigo Sedeño había participado en las Guerras de África junto a su pariente, el abulense ingeniero militar Diego de Vera (-1523).
Quedó huérfana de madre en su infancia, pasando a vivir con una tía ya que su padre no quiso que conviviera con su nueva esposa.
Tras esta muerte pasó a vivir en Ávila con un tío suyo, Antonio de Vera y Bracamonte y su esposa, Catalina de Guzmán.
En esta casa, Isabel se crio con la hija y heredera del matrimonio, Luisa de Vera y Guzmán que posteriormente contrajo matrimonio con el militar Juan de Acuña Vela, general de la artillería y del consejo de Guerra.