Siendo aún niña, se trasladó con su familia al Virreinato del Perú.[7] Allí conoció al adelantado Álvaro de Mendaña, con quien contrajo matrimonio en Lima en 1585.[9] En 1597, ambos organizaron una expedición que les llevó primero a Acapulco (Virreinato de Nueva España, hoy México) y después a Guañacos (Capitanía General de Chile, hoy Argentina) donde Isabel poseía una encomienda.[4] Posteriormente regresaron a Perú, donde algunos historiadores consideran que falleció en 1612, siendo enterrada en Castrovirreyna.[14] Previamente, Quirós había logrado del rey Felipe III una real cédula que le otorgaba el derecho a regresar y cristianizar las islas Salomón, anulando el título que Isabel había recibido de su primer marido.