El Conde Kapodistrias fundó en 1802 la "Asociación Nacional Médica" en la que fue un activo miembro.En 1801 el Imperio Ruso y el Turco reconocieron a las siete islas Jónicas como un Estado independiente gobernado por sus nobles, la República Septinsular (Επτάνησος Πολιτεία).En 1803 el nuevo senado eligió unánimemente al Conde Gran Ministro y se encargó poniendo especial énfasis en la educación.Tras la disolución de la República Septinsular, en 1809 Kapodistrias se puso al servicio del Zar Alejandro I.Tras su muerte, fue nombrado gobernador griego su hermano Augustinos Kapodistrias, que ejerció el cargo durante seis meses, en los que el país cayó de nuevo en una etapa anárquica.