El IES San Isidoro, se asienta en un edificio construido en la década de los sesenta del siglo pasado sobre el solar del Palacio de los Zúñiga, su sede anterior.

El director y el claustro debatieron sobre la necesidad de crear una biblioteca, instaurándose como tal en 1862.

Aunque actualmente las nuevas adquisiciones son obtenidas a través de su propio presupuesto escolar, el centro debe sus mejores ejemplares a célebres catedráticos, profesores y escritores como José María Rojo Vázquez o Luis Herrera y Robles.

Actualmente los libros de la biblioteca del instituto se dividen en distintas materias: Árabe, Artes plásticas, Derecho, Economía, Educación, Ética, Filosofía, Física y Química, Francés, Griego, Historia, Latín, Matemáticas y varios.

De entre los alumnos destacan: Gustavo Adolfo Bécquer, Manuel Machado (1895), Luis Cernuda (1913), Severo Ochoa (1920), Manuel Losada Villasante (1940), Santos Juliá (1953), Felipe González (1955), Rafael Escuredo (1956) o Guillermo Vázquez Consuegra (1958).