Afirman también que luego invernó en las islas para finalmente partir de regreso a España en diciembre.

En enero las tres naves que lograron llegar entraron en el estrecho, donde sufrieron un temporal que hundió a la nave capitana y separó a los dos barcos restantes en direcciones opuestas.

Una de las naves al mando del hermano del obispo, Francisco Alonso de Camargo, continuó por el estrecho navegando luego por el canal Beagle, llegó posteriormente al Perú tras descubrir desde el mar la isla de Chiloé.

[3]​[2]​ La otra nave, la Incógnita, cuyo capitán es posible que haya sido Gonzalo de Alvarado, fue arrojada hacia el Atlántico Sur y poco después avistó dos pequeñas islas que corresponden en posición y descripción a las islas Malvinas.

La cartografía del estrecho que figura en el mapa XV del atlas Islario de Alonso de Santa Cruz, publicado poco después del retorno de esta nave a España (1541), incorpora esas dos pequeñas islas, ubicadas aproximadamente a unas sesenta leguas al este y en línea paralela al estrecho, «al oriente del puerto de San Julián... a cincuenta y un grados de altura».