Se adhirió a la causa de la Independencia desde un principio, al lado de Morelos.
El objetivo no se logró, toda vez que la noche del día siguiente fue sorprendido por los disidentes David Faro y Mariano Tabares; Ayala fue hecho prisionero y conducido a su casa de Tecpan, donde quedó en libertad.
Sus servicios a la causa insurgente habían sido tan notables que Morelos escribía a Carlos María de Bustamante desde Huetamo, el 4 de diciembre de 1813, lo siguiente: [3] Cuando el capitán realista Juan Bautista Miota ocupó la plaza de Tecpan el 19 de abril de 1814, Ignacio Ayala logró escapar hacia Petatlán.
En este lugar fue reducido a prisión por su antiguo correligionario José Elizondo Cabañas, quien lo entregó a Miota.
Remitido a Chilpancingo, se le siguió proceso el 25 de mayo; condenado a la pena capital, ésta se consumó por orden virreinal en la ciudad de Tixtla.