Las bóvedas son de crucería gótica que son sostenidas por una serie de arbotantes apoyados en contrafuertes entre los que se abren las diferentes capillas en cuyo interior hay retablos destacables.
El campanario es del siglo XV y se debe al maestro Juan Campero que fue contratado por el cardenal Cisneros.
La portada de la resurrección, del siglo XVI mezcla el gótico mudéjar con el Renacimiento.
En 2014, durante unos trabajos de rehabilitación, se descubrieron unos dibujos e inscripciones en la parte trasera del retablo renacentista realizados por artistas españoles del siglo XVI, según las primeras estimaciones.
Los dibujos representan dos rostros masculinos y el bosquejo de un ave rapaz.