Años después, hacia 1633, se instala en él la compañía de Jesús, que adquiere diversos edificios anexos, hasta su expulsión con Carlos III.
Desde entonces la iglesia ha sido una propiedad privada, llegando a albergar en la segunda mitad del siglo XX una fábrica de ladrillos y baldosas hidráulicas.
Junto al crucero tenemos la única capilla abierta que se conserva, con cúpula con linterna apoyada sobre cuatro pechinas, toda con pintura mural en diversas capas, la más exterior en rojos, la segunda perdida casi por completo de la que se ve una cinta con las letras DEXERM.
La tercera es la que mantiene mayor superficie cubierta de pintura, en ambas paredes laterales vemos tondos y decoración vegetal.
A la derecha de la zona del altar hay una pequeña habitación, posible sacristía que está pintada en blanco y no parece decorada.