Cuando se construyó, en el siglo XVI, fue la primera iglesia de los jesuitas diseñada en estilo "auditorio-iglesia" específicamente para la predicación.

El rey y la corte se vieron incluso obligados a huir de Lisboa durante un tiempo.

[3]​ Al mismo tiempo, se creó una Hermandad de San Roque para supervisar y cuidar el santuario.

La primera piedra se colocó en 1555, pero el edificio fue rediseñado y ampliado (su versión actual) en 1565.

Otras partes del complejo, y los edificios posteriores construidos junto a él, siguen funcionando como sede de la Santa Casa para la ciudad.

Los jesuitas añadieron el gran medallón central (La Glorificación de la Cruz), así como 8 grandes pinturas y 12 paneles monocromos que representan acontecimientos bíblicos.

El diseño del retablo se atribuye a Teodósio de Frías y la talla al maestro Jerónimo Correia.

[17]​ En el nivel superior hay una hornacina para la exposición del Santísimo Sacramento - el "trono" (una invención portuguesa característica) suele estar cubierto por una gran pintura al óleo de una escena del Nuevo Testamento que cambia según la estación religiosa.

La carpintería dorada (atribuida a José Rodrigues Ramalho)[23]​ cubre toda la superficie interior, incluido el techo.

[25]​ La segunda capilla de la derecha, en honor al primer misionero jesuita en la India y el Lejano Oriente, San Francisco Javier (1506-1552), también fue realizada en 1634.

[26]​ Contiene una imagen de Javier del siglo XVII en madera tapizada[27]​ y está flanqueado por pares de columnas corintias estriadas, cuyos tercios inferiores, así como los frisos entre las columnas, están tallados y dorados.

Esta capilla es diferente a las demás: es de estructura clásica y combina elementos arquitectónicos geométricos, un tipo de decoración que refleja el gusto contemporáneo y que emplea elementos del “Estilo Nacional”.

El retablo se completó en 1707, reemplazando a uno anterior que había caído en mal estado.

El nicho central alberga una estatua en madera tapizada de San Roque que, según la tradición, es la altura exacta del santo (140 cm).

[32]​ Combinan imágenes naturalistas estilizadas con patrones geométricos y elementos iconográficos relacionados con San Roque.

La reja de hierro forjado fue erigida en 1894 cuando se trasladó el Santísimo Sacramento del Altar Mayor a esta capilla.

1195-1231), fue instituida por Pedro Machado de Brito, quien dejó un legado solicitando que él y sus descendientes fueran enterrados aquí.

Una hermosa escultura del siglo XVII de la Piedad en madera tapizada completa la tribuna.

[43]​ La parte central del retablo está flanqueada por dos pares de columnas retorcidas pseudo-salomónicas con paneles decorados en el medio.

Esta capilla, que muestra la influencia del barroco italiano, marca la transición entre el manierismo portugués en su última fase y el estilo sucesivo, propio del reinado de Juan V, que utiliza un vocabulario barroco.

Esta capilla (Capela de São João Baptista) fue encargada en 1740 por el rey Juan V.

Vanvitelli modificó su diseño original según los dibujos enviados a Italia por el arquitecto João Frederico Ludovice (1673-1752).

Los modelos de los tres paneles fueron realizados por Agostino Masucci (1691-1758), y el mosaico en sí mismo por Mattia Moretti (m.

La corte portuguesa exigió materiales preciosos; así encontramos varios tipos de piedras ornamentales: lapislázuli, ágata, verde antiguo, alabastro, mármol de Carrara, amatista, pórfido púrpura, pórfido verde, blanco-negro francés, brecha antigua, diáspora y amarillo-dorado persa, por nombrar solo un pocos.

Además del monumento arquitectónico de la capilla propiamente dicho, se crearon otras piezas utilizadas en el culto, con una calidad técnica y artística similar: vestiduras litúrgicas cristianas, ornamentos, encajes y libros.

La inscripción en la tumba actual, traducida, dice:Aquí se encuentra el cuerpo del Maestro Francis Tregian, un muy eminente caballero inglés que, después de la confiscación de su riqueza y después de haber sufrido mucho durante los 28 años que pasó en prisión por defender la fe católica en Inglaterra durante las persecuciones bajo la reina Isabel, murió.

A cambio, los agradecidos jesuitas permitieron que los donantes, D. João y su esposa, así como sus descendientes, fueran enterrados en la capilla principal.

[69]​ Las paredes están cubiertas casi en su totalidad por tres hileras de valiosas pinturas dispuestas en frisos superpuestos hasta el techo abovedado.

Fueron ejecutados por el pintor manierista portugués del siglo XVII André Reinoso (ca.

[73]​ El techo de la sacristía está compuesto por una bóveda circular dividida en arcas decoradas con frescos del siglo XVII que contienen emblemas con símbolos bíblicos alusivos a la Virgen María, posteriormente integrados en una “Letanía de la Virgen”.