[1]​[2]​ El templo se comenzó a erigir en conjunto que el hospital, hacia 1654-1663.

[1]​ En 1646, el obispo Bartolomé González Soltero compró el terreno para la construcción del hospital, que estuvo en funcionamiento parcialmente a partir de 1648.

En 1653, el arquitecto Juan Pascual se encargó de trazar los planos del sanatorio, también dedicado a San Pedro Apóstol.

La fachada del templo se cruza en un ángulo recto con la entrada del sanatorio, de manera que ambas fachadas crean una esquina y forman un pequeño atrio.

Las cuatro hornacinas del portal, destinadas a mostrar imágenes de santos, siempre han estado vacías.