Desde su estado inicial, ha experimentado sucesivas ampliaciones en los siglos XV y XVI para atender a las necesidades demográficas del barrio de San Pablo, cuya población fue en progresivo aumento.
Por esta razón, en 1284 se vio necesario derruir la antigua ermita románica de San Blas y construir un nuevo templo, que estaría terminado antes de la mitad del siglo XIV.
En el siglo XV se añaden dos naves al perímetro de su planta, con lo que se integró la torre, en principio adosada a los pies de la primitiva fábrica, inmersa en el interior del templo.
No obstante, la parroquia siguió experimentando reformas y ampliaciones hasta el siglo XX.
Su interior alberga dos cuerpos concéntricos entre los que se sitúa una escalera y permite ver una panorámica de Zaragoza.
En los muros se abrían ventanas ojivales, una por cada tramo y por cada lienzo del ábside.
Con estos tramos se rodeó toda la fábrica primitiva, que continuaban por la cabecera como si se tratara de un deambulatorio, al otro lado del ábside poligonal y rodeando la torre; de este modo, ábside y torre quedaron integrados en la nueva planta.
En cuanto al exterior, destaca la portada del lado norte, que da a la calle de San Blas, también el siglo XV, de estilo gótico y esculpida en alabastro.
Sobre la puerta se muestra un tímpano que descansa sobre una línea de imposta donde figuran esculpidas en altorrelieve unas figuras de Cristo sedente al que flanquean San Juan y la Virgen y a estos, San Blas y otro santo no identificado con seguridad.
El resto, ya de estilo pleno del Renacimiento y Barroco, se cubren con cúpulas sobre pechinas que rematan en linternas para su iluminación.
Además de todo ello, en 1587 se abre una nueva portada a los pies, necesaria tras haberse remodelado este espacio al exterior, convertido en la actual plazuela de San Pablo.
A los lados se incorporan otras dos pilastras lisas rematadas en jarrones.
Los primeros cuerpos no son visibles desde el exterior, pues están inmersos en la iglesia.
En el quinto cuerpo aparece un vano ciego apuntado donde se alojan dos ventanas túmidas gemelas por cada lado.
Remata todo el conjunto en un chapitel (renovado en 1849 por José Yarza y Miñana) en forma de pirámide cónica muy estilizada con una bola en su cúspide sobre un pequeño tambor octogonal.
En el cuerpo inferior de la calle central se aloja, en una hornacina avenerada, la imagen del titular del templo, el apóstol San Pablo, en una escultura exenta.
Destaca sobre todola obra de platería que recubre el frontal del altar, finalizado en 1720 por José Godó y su ayudante Bernardo Garro.