La primera noticia del templo data del año 1299, en un documento conservado en el Archivo Parroquial de Cuéllar, donde se cita a Martín Abad, capellán de San Lázaro.
En el siglo XV el concejo de Cuéllar fundó el Hospital de San Lázaro, y la iglesia pasó a ser capilla del mismo.
En 1570 el concejo decidió llevar a cabo ciertas obras en el complejo, incluyendo un nuevo arco en la iglesia.
A mediados de siglo aparece citada ya solo como ermita.
La última referencia documental al templo es del siglo XVIII, cuando se vendieron las piedras de la iglesia por cincuenta ducados, siendo beneficiado el Hospital de Santa María Magdalena, mientras que su retablo fue a parar primero a la iglesia del Salvador y más tarde a la iglesia de Santa María de la Cuesta, donde se conserva en la actualidad.