Las principales reformas y ampliaciones afectaron especialmente a la capilla mayor, reedificada a principios del siglo XVI, cuando se levanta un nuevo altar a instancias de Melchor Maldonado, embajador de los Reyes Católicos en Roma, fallecido y enterrado en esta capilla en 1504.

La portada situada a los pies se enmarca entre semicolumnas labradas sobre cuyos capiteles corre un tejaroz volado sobre canes de piedra con cabezas de león.

La puerta de madera claveteada queda rehundida tras las arquivoltas góticas, donde destacan la interior, acabada en fina crestería, y la exterior, decorada con puntas de diamante y formas geométricas.

Durante los violentos sucesos de la Guerra Civil, en 1936, la iglesia sufrió importantes destrozos, siendo incendiada y saqueada, lográndose salvar las imágenes del Jesús del Silencio, la Virgen de la Amargura y San Juan Evangelista, que tenían aquí su sede desde 1704.

También en este templo reside también otra corporación de gloria que tiene por titular a la Ntra.