[5]​ La iglesia tiene planta de cruz latina, formada por dos cuerpos constructivos: el primero, oriental, de cruz griega (al que se añadió la capilla de la Inmaculada Concepción en el siglo XVIII, por Giovanni Ruggeri) y el segundo cuerpo inserto en el Cruz griega, que se prolonga hasta formar el brazo largo de la iglesia, formando así una cruz latina, que remata en la fachada.

En el interior hay una parte delantera caracterizada por un techo atirantado sobre arcos de medio punto (que son 14 en total) y una parte trasera con un techo de crucería roja y blanca sobre arcos apuntados.

Tiene, caso insólito en Italia, un portal doble, de estilo francés, cuyos vanos están rodeados por una decoración bicolor.

En el brazo izquierdo del crucero, sobre la puerta lateral, hay un gran lienzo de Francesco Barbieri, pintado a mediados del siglo XVIII, que representa el triunfo de la orden franciscana.

En el brazo izquierdo del crucero, la primera capilla, cuyo patrocinio perteneció a la aristocrática familia Beccaria, que conserva la estructura original del románico tardío, conserva frescos, realizados hacia 1298 y con una fuerte influencia bizantina, que representan a San Francisco, un coronado santo y una Virgen con el Niño colocados bajo edículos arquitectónicos.

Al final del crucero se encuentra la capilla de la Inmaculada Concepción, encargada por la Compagnia dell'Immacolata (hermandad que tuvo su sede en la iglesia desde el siglo XVI hasta finales del siglo XVIII) y diseñada por Giovanni Ruggeri en 1711 La capilla está decorada con mármoles y bronces.

y preciosas decoraciones barrocas, el altar, terminado en 1777, fue diseñado por Giulio Galliori y conserva un retablo que representa a la Virgen, de Bernardino Ciceri, mientras que la cúpula fue pintada al fresco por Pietro Antonio Magatti.

[6]​ En la nave lateral izquierda se encuentran las siguientes capillas: Capilla III: originalmente dedicada a Santa María Magdalena, fue dedicada a la Sagrada Familia en el siglo XVIII.

Contiene un retablo que representa la Sagrada Familia de Carlo Antonio Bianchi, mientras que todo el muro izquierdo está ocupado por un estuco del siglo XVIII con Jesús entre los doctores del Templo.