Pertenece a las denominadas iglesias fernandinas, ya que fue fundado por el rey castellano Fernando III en el siglo XIII.
El claustro se derribó parcialmente, siendo sus materiales reutilizados para la construcción del Hotel Suizo en la actual plaza de las Tendillas y los mármoles para una casa solariega en Écija.
A pesar de este hecho, la iglesia sigue funcionando según el rito católico.
La falsa cúpula, característica del Barroco, se encontraba en muy mal estado debido a que la carcoma había dañado seriamente la estructura de madera.
El proyecto, cuyo arquitecto fue Juan Jiménez Povedano, fue financiado por la Junta de Andalucía, que destinó 587.832 euros.