Se edificó por deseo del cardenal Juan Pardo de Tavera, quien autorizó las obras en 1553.

Las obras comenzaron por la capilla mayor, pero faltando recursos, se llevaron a cabo muy lentamente y por ejemplo la sacristía es obra posterior.

Lo único que diferiría del estilo habitual de Covarrubias serían las tres pequeñas portadas, que se podrían encuadrar dentro del estilo barroco.

Los pilares que separan los tramos son muy esbeltos y de traza renacentista.

[1]​ Está decorada con pilastras dóricas, elementos renacentistas y el escudo del cardenal Tavera.

Destaca, además, la capilla del siglo XVIII, barroca, dedicada al Santísimo Cristo de la Vera Cruz.