A finales del siglo XVI la cofradía se traslada a la iglesia actual, frente al antiguo Palacio del Almirante, sobre el que se levantó en el siglo XIX el Teatro Calderón.

La mayoría de sus cofrades eran ricos mercaderes, que solían realizar grandes donaciones.

El arquitecto Juan de Nates proyecta una fachada inspirada en la Catedral y en modelos italianos, existiendo en las trazas ecos de Bramante.

Se convirtió en el modelo de iglesia penitencial dentro del contexto del clasicismo vallisoletano que estudió Agustín Bustamante García.

[1]​ El retablo combina, en su programa iconográfico, la escultura con las pinturas recientemente descubiertas de la Fe y la Caridad, además de la Fortaleza y la Prudencia.