Anterior a la iglesia actual existía una ermita dedicada a Nuestra Señora de Gracia, cuyos orígenes se remontan a finales del siglo XV o principios del siglo XVI, ya mencionada en las relaciones del P. Andrés de Roelas en 1578, y que tenía anejo un pequeño hospital para asistencia de peregrinos y pobres del barrio, y una casa para el capellán.

[3]​ La capilla del Rescatado se levantó "hasta el arranque de los arcos" en 1719, y la capilla del Cristo de Gracia, que amenazaba ruina, tuvo que ser rehecha, concluyéndola y dedicándola en 1747, y se amplió con el camarín en 1769, para lo que la ciudad cedió un terreno colindante.

Antonio del Beato Miguel de los Santos, que puso gran celo en reparar el convento y la iglesia, poco después la nueva comunidad pudo festejar como se merecía la beatificación de Fr.

Poco después, el 22 de septiembre del mismo año, el gobernador eclesiástico de la diócesis de Córdoba, Joaquín María Villavicencio, dirige a todos los curas seculares, no religiosos, una orden circular dando disposiciones sobre los religiosos exclaustrados que hace patente su nueva y humillante situación jurídico-eclesiástica: deben reconocer a los curas diocesanos como sus "jefes" inmediatos y estar sujetos a ellos; se debe informar de todos sus movimientos al obispo; sus iglesias quedan como ermitas bajo dependencia de los párrocos; no podrán vestir sus hábitos sino sotana; no podrán vivir en los conventos formando comunidad "bajo ningún concepto".

[6]​ Ramírez de Arellano afirma que en 1843 el Ayuntamiento pidió la supresión del presidio, por el daño que hacía a la ciudad y al barrio, y es entonces cuando se colocaron en el claustro bajo caballerizas para la cría de caballos sementales, quedando el resto abandonado y en ruinas, "sucediendo en este tiempo que muchos lo pedían y nada se hacía en él, hasta que en 1866 vinieron tres sacerdotes que se decían trinitarios, con la idea de volver a erigirlo en convento, lo cual no tuvo eco en los cordobeses.

Diego del Espíritu Santo dedicó todo su empeño en recuperar algunos ornamentos sagrados e imágenes que habían sido llevados a San Lorenzo, la comunidad se dispersó de nuevo con la revolución septembrina de 1969 y Fr.

Era la primera comunidad masculina que se establecía en la ciudad con todas las licencias desde la exclaustración de 1835.

Tiene cinco puertas: las tres del centro dan al cancel de la iglesia, por la izquierda se entra al convento, y la de la derecha está sin servicio, da al desaparecido huerto del Santo Cristo, donde hoy se guardan los pasos de las hermandades con sede en esta iglesia.

Marchionis de Viana Anno MCMLIV Fundición Manuel Rojas e hijo Torredonjimeno (Jaén).

A este le cubre una elevada cúpula ovóidea, con linterna de poca luz, dividida en gallones con pinturas, que representan, según lo indican los letreros, a David, Isaac, Abrahán, Jacob, Joaquín, Matán y Salomón.

La nave central está cubierta por bóveda de medio punto con lunetas, cortada en cinco tramos por arcos fajones, que se adornan con recuadros en que se ven pinturas al fresco, muy oscurecidas y dañadas por el polvo, humo y humedad.

A los pies o entrada de la iglesia, y sostenido por un arco rebajado muy abierto, se eleva el coro monacal, que tiene una sillería traída por los misioneros claretianos a finales del siglo XIX desde el Carmen Calzado.

En la actualidad no se conservan restos humanos, ya que la cripta fue saqueada por las tropas francesas durante la ocupación de 1808.

Tres retablos ocuparon el testero de la capilla mayor, antes del actual.

Tiene dos cuerpos, dividido el primero en tres calles por cuatro columnas salomónicas, cuyas espirales giran a la derecha, menos la de la extrema izquierda que lo hace en sentido contrario, por haberla colocado al revés.

Ocupa la calle central el manifestador, y sobre él, en grandioso camarín de arco apainelado, un alto relieve de la Santísima Trinidad, obra del escultor cordobés Antonio Castillo Ariza (1963).

Cubre el frente un retablo barroco y dorado, realizado en 1744, con camarín, franqueado por dos columnas salomónicas, sobre las que hay dos angelitos.

Al camarín se sube por una doble escalera situada a la izquierda del mismo, fuera de la capilla.

Otra lápida, más hacia la entrada dice: Entierro del doctor don Gonzalo Antonio Serrano, Maestro en las ciencias matemáticas, principalmente en la astronomía, y astrología, médico en Córdoba sv patria.

Ocupa dos arcos al lado de la epístola y su cúpula está constituida por cuatro arcos cruzados, que forman ocho lunetos, en los que se abren dos ventanas rectangulares y están simuladas otras seis.

Tiene una bellísima decoración, en estuco, de guirnaldas, palmetas y follaje serpenteante, con cuatro pinturas circulares en las pechinas.

Su autor consiguió un realismo extraordinario, siendo muchos los que aún se preguntan si el cuerpo es real y está incorrupto.

Una vez restaurada la urna se colocaron los huesos en una pequeña urna de plata que se introdujo bajo el pecho de la imagen, en mejores condiciones que estaban anteriormente.

El segundo retablo está hoy dedicado a San José, si bien hasta 1973 ocupaba la hornacina el Sagrado Corazón y anteriormente Santa Clara (que hoy se venera en la estancia de subida al camarín de Jesús Rescatado).

Éste y el siguiente retablo, de estilo barroco, son del siglo XVIII, casi en todo iguales, más pequeños que el anterior, están dorados y tienen un nicho único con dos columnas salomónicas a los lados.

Este altar estuvo ocupado en un principio por la imagen de Jesús Nazareno Rescatado, hasta que se le hizo capilla propia, y posteriormente por Santa Lucía, que ahora se venera en la estancia de subida al camarín del Rescatado.

Es una talla de madera campaniforme, sin niño y con las manos juntas sobre el pecho.

En las paredes laterales del crucero están colocados sobre repisas doradas los cuatro evangelistas, a falta de san Mateo, que sufrió graves daños en el incendio de 1973 y no ha podido ser restaurado por el alto precio que supone.

Como no le iba muy bien eso de la vida religiosa pasaba el tiempo llenando los muros de dibujos al carbón, no muy correctos pero suficientemente expresivos para que se fijara el obispo de Córdoba y lo llevara a su palacio, dándole profesores y haciéndolo escultor.

Estos diez últimos cuadros fueron pintados por autor desconocido para el lugar que siguen ocupando.