[3]​ Existe la idea de que en ese punto tuvo lugar el primer encuentro entre Cortés y Moctezuma Xocoyotzin.

[3]​ Mientras tanto el hospital utilizaba para su servicio una pequeña capilla conocida como la Santa Escuela, la cual se conserva al costado poniente del templo.

[1]​ La fachada lateral de inspiración renacentista que da a la plaza de Jesús, fue construida a mediados del siglo XIX por el arquitecto italiano José Besozzi.

[2]​ Sin embargo, las autoridades decidieron conservar la antigua portada renacentista que había pertenecido a la Catedral, por lo que el arquitecto Juan Durán fue contratado para desmontar la portada piedra por piedra y montarla en la fachada de la iglesia del hospital de Jesús Nazareno.

En el coro y parte de la nave conservan un mural realizado por José Clemente Orozco.