Sus orígenes se remontan a 1410 cuando el expedicionario normando Jean IV de Béthencourt mandó a construir un templo que seguía los parámetros del estilo gótico francés.[2] El edificio sustituiría al pequeño oratorio, levantado en los momentos de la conquista y destinado a acoger a la imagen de la Virgen, traída por los conquistadores.Gran parte de los documentos albergados en la villa se perdieron en esta invasión, lo que dificulta el conocimiento sobre la Fuerteventura del siglo XVI.Santa María sería posteriormente reconstruida, así como el convento.Pudo pertenecer al extinto convento de San Buenaventura.
Interior y naves del templo.
Imagen de Santa María de Betancuria o Nuestra Señora de la Concepción, titular del templo.
