Los trabajos se desarrollaron con lentitud, habiendo sido concluida en 1556 la torre de la fachada principal.

Por esa razón, el templo presenta una compleja combinación de estilos e influencias.

La Capela de los Mareantes (1511) se abre sobre la nave lateral izquierda por un amplio arco clásico, considerado como la primera obra documentada del Renacimiento en Portugal.

La iglesia fue bombardeada por tropas españolas durante la Guerra de Restauración portuguesa.

El edificio fue restaurado durante la década de 1930, habiendo sido destruidas varias capillas laterales y completamente destruidos el coro alto, órganos, y la mayoría de los elementos decorativos barrocos.