En el siglo XVI los europeos entraron en contacto con grupos que hablaban lenguas candoshi, emparentadas con el moderno candoshi-sapra-murato.

El subgrupo murato fue contactado por primera vez en 1744, y se resistieron a ser evangelizados por misioneros jesuitas en 1748.

De entre las lenguas modernas mejor documentadas, Loukotka (1968),[4]​ secundado por Tovar (1984), relacionó el Candoshi con el taushiro (pinche).

Kaufman (1994) propuso tentativamente una familia lingüística Kandoshi–Omurano–Taushiro, con el Candoshi como lengua más divergente del grupo.

También parece que otras dos lenguas preincaicas de la cuenca del Marañón, el rabona y el sacata, podrían estar emparentadas con el candoshi.