Debida a la casi ausente planificación territorial, la ciudad ha sufrido una gran pérdida de su complejo sistema hídrico.

Actualmente, se mantienen solo 4 humedales: Baquedano, El Loto, Los Helechos y Las Ranas.

[2]​ Los servicios más importantes que proveen los humedales de Llanquihue son la protección ante desastres naturales tales como plagas, sequías e inundaciones.

Por lo mismo, lo que sucede en la ciudad de Llanquihue, tiene un impacto a nivel global.

[10]​ También han trabajado en la zona la consultora Patagua y la ONG Servicio País.

[11]​[12]​ Con esto, Llanquihue se transformaría en la ciudad en Chile con mayor índice de áreas verdes por habitante.

La construcción del Parque Humedal Baquedano, la cual se llevará a cabo durante el año 2018, busca poner en valor este ecosistema por ser uno de los humedales con mayor presión y en peor estado de conservación.

[2]​ El proyecto consiste en equipar al Humedal Baquedano con un sistema de pasarelas que formarán un paseo peatonal, dando gran importancia a este espejo de agua tanto para la comunidad y el medio ambiente.

[15]​ Sin embargo, a diciembre del año 2017, la municipalidad aún no presenta su ordenanza para el cuidado de los humedales,[7]​ lo cual ha permitido que todavía se construya encima de estos ecosistemas amenazados.

[22]​ El Senador De Urresti (PS) se ha abogado por la defensa por los humedales urbanos en dicho proyecto y en otras instancias.