El paisaje es caracterizado por un terreno muy accidentado, con cerros de pasado volcánico y una zona serrana en el sur que colinda con Amealco: en el municipio hay bosques de matorrales, pastizales zonas boscosas, sobre todo en el sur, pero la mayoría del paisaje está deforestado.Este sitio arqueológico está caracterizado por la presencia de estructuras conocidas como cuisillos, pequeños basamentos piramidales, cuya construcción se atribuye a una cultura aún no identificada.[4] Aún no se han llevado a cabo investigaciones arqueológicas que nos brinden información concluyente sobre esta cultura, ni tampoco sobre la segunda área, situada en la parte norte del municipio cerca de la comunidad de El Vegil.Por un lado, se hallaba la cultura Chichimeca, caracterizada por su estilo de vida nómada, que se sustentaba principalmente en actividades como la caza, la pesca y la recolección de frutos silvestres.Aún así el crecimiento de la ciudad hacia la zona de Huimilpan ha sido más bien lento, y pese a su cercanía con el municipio sigue sin existir una localidad en Huimilpan que supere los cinco mil habitantes.Las razones por las que la capital no ha alcanzado el municipio son varias: el cerro del Cimatario separa ambos municipios y se convierte en una importante barrera natural que impide el crecimiento de la ciudad, además al ser un parque nacional se garantiza su conservación, aún así cabe mencionar que en 2002 generó polémica la construcción de un lujoso fraccionamiento llamado "Cumbres del Cimatario" fue edificado entre las dos áreas naturales protegidas de El Tángano y El Cimatario.[10] La otra razón podría ser la ruralidad que prevalece en el municipio o lo accidentado de su geografía.En recientes años se han iniciado proyectos inmobiliarios más alejados del Cimatario, uno cerca de la comunidad del Rosario y otro en la comunidad de Guadalupe I.Al Norte, sus límites son compartidos con los municipios de El Marqués, Querétaro y Pedro Escobedo.El territorio que ocupa Huimilpan esta casi totalmente dentro de dos cuencas: la denominada cuenca del río Bravo nace en las zonas más altas del municipio, al sur en el limite con Amealco, y la otra cuenca es la del río Huimilpan, dentro de la que están ubicadas la presa de San Pedro, el Zorillo y la misma cabecera municipal.Este proceso probablemente comenzó en la época prehispánica, continuó durante el periodo colonial y se intensificó hasta la segunda mitad del siglo XX.Otros tipos de vegetación arbórea, como los bosques tropicales caducifolios y los bosques espinosos o mezquitales, que ocupaban áreas más limitadas, fueron eliminados en más del 90 % o prácticamente por completo, respectivamente.En fruta: almendra, chabacano, manzano, durazno, aguacate, calabaza, naranja, tejocote y pera.En Los Cues existe un fabricante de autopartes y en San Antonio La Galera, una empresa textil.En San Pedro se encuentra el Museo Comunitario el cual contiene piezas prehispánicas que han sido recolectadas por los habitantes de la comunidad.Cada año se realiza un torneo anual de pesca en esta presa.
Nicolás de San Luis Montañez, conquistador del territorio actual de Humilpan.
