Hubo dos momentos históricos en los que el hospital de San Rafael fue especialmente importante para Santander.

Uno de los primeros ejemplares impresos es la Circular con que el obispo pide ayuda económica para poder llevar a cabo la fábrica del hospital.

Tanta era la confianza que tenía en llevar a feliz término la obra con la colaboración del pueblo.

A la inauguración acuden las autoridades municipales, estando sin acabar el edificio y rodeado de pequeñas casas viejas que más tarde desaparecerían.

Además cuenta con una capilla, tiene huerta y jardín, así como un aljibe con pozo, bajo el patio, de unos 300 metros cúbicos, de tal forma que había agua abundante para los servicios higiénicos y quirúrgicos.

Dicha rehabilitación corrió a cargo de los arquitectos Gonzalo Bringas y Joaquín Vaquero.

[3]​ En 1949 la universidad volvió a ocupar como sede principal el Palacio de la Magdalena.

Entre 112 trabajos es elegido el de los arquitectos José Manuel Sanz y Juan López-Riobóo, quienes acometen una restauración (1984) que ha sido reconocida y galardonada con varios premios, entre los que destaca el Diploma de Mérito del Premio Europa Nostra 1987 para la protección del patrimonio arquitectónico y natural europeo.

Así, cabe destacar la cubierta acristalada del patio, la solución dada al antiguo aljibe que suministraba agua al hospital (hoy, una sala de estar) y el espacio reconvertido en hemiciclo.