[1]​ En 1492, tras una bula papal promulgada por Sixto IV se inicia la construcción del edificio durante el reinado de Juan II.

Asimismo se crearon hospitales centrales en Coímbra (1508), Évora (1515) y Braga (1520).

Tras su fundación fue administrado por un proveedor nombrado por el rey, pero desde 1564 lo gestionó la Irmandade da Misericordia, orden establecida en 1498.

Sin embargo, pese a la intención inicial y debido a los graves daños y las dificultades financieras del gobierno, que se enfrentaba a la reedificación de la ciudad entera, el hospital no se reconstruyó, siendo sus funciones y personal transferidos al Colégio de Santo Antão, un colegio jesuita confiscado a la Compañía de Jesús tras su expulsión de Portugal en 1759.

Los restos del hospital de Todos los Santos fueron demolidos construyéndose la Praça da Figueira en su solar.