La importancia de la población tendría inicio en el año 1432 cuando el rey Ponhea Yat, el último rey de Angkor Wat, abandonara la antigua capital imperial para buscar un nuevo centro político en Nom Pen.
En 1812 Nom Pen volvió a ser la capital real cuando el rey Chan dejó la ciudad de Oudong, pero no hubo mucha estabilidad política durante los siguientes 50 años debido a las intervenciones de los reinos vecinos.
El rey Norodom, ante el temor de una invasión vietnamita, firmaría en 1863 un tratado con Francia que declararía el país “Protectorado Francés”.
Sin embargo, la ciudad no cobró todavía esa importancia comercial de antaño, aunque los franceses tuviesen el control de todo el delta, porque sería Saigón el principal rival económico a lo largo del río.
La ciudad fue ocupada por Japón durante la II Guerra Mundial, pero su presencia no perturbó mucho su cotidianidad.
El camino hacia la independencia fue, definitivamente, una oportunidad ante el debilitamiento francés durante la II Guerra Mundial.
Nom Pen se convertiría en un preciado botín de guerra y paulatinamente la ciudad sería sitiada por todas las direcciones en un círculo sangriento que se cerraría en el curso de cinco años dolorosos.
Edificios fueron derruidos, incendiados, bombardeados, como si el rencor se hubiera personificado en la ciudad y su gente.
Organizaciones no gubernamentales abrieron sus sedes en la ciudad para atender los muchos problemas sociales: niños de la calle y menores trabajadores, tráfico infantil, Sida, prostitución, pobreza y otros males.
Hoy Nom Pen presenta un mejor aspecto, aunque es mucho lo que debe hacerse.
En 1975 el nuevo régimen evacuó la ciudad en su totalidad y hasta 1979 no vivieron en ella más que los mandos superiores de los jemeres rojos.