Durante su régimen se llevarían a cabo todo tipo de violaciones a los derechos humanos, incluyendo asesinatos masivos, desapariciones forzadas, torturas, campos de concentración, violaciones y esclavitud sexual.
La brutalidad de sus acciones, muy similares a las cometidas por las dictaduras latinoamericanas, así como su estrecha alianza con los gobiernos occidentales, especialmente Estados Unidos y Francia, le valieron el apodo de "Pinochet africano".
Después de completar sus estudios en ciencias políticas en París, regresó a Chad en 1971.
No obstante, una vez allí, Habré se unió a las Fuerzas Armadas del Norte o FAN, por sus siglas en francés (Forces Armées du Nord).
Después de la división, Habré continuó llamando FAN a sus fuerzas armadas.
Buscando la reconciliación nacional, Oueddei nombró a Habré como Ministro de Defensa, no obstante, molesto por la influencia libia en Chad, este último consiguió apoyo de los Estados Unidos para expulsar a las fuerzas libias de su país y derrocar a Oueddei.
Según la ONG Human Rights Watch, unas 40 000 personas fueron asesinadas en su gobierno por motivos políticos, y otras 200.000 fueron torturadas.
Para 1987, los efectivos libios fueron expulsados de Chad y la guerra terminó al día siguiente.
Su objetivo era fortalecer los lazos de parentesco y consolidar apoyos para sus políticas.
En 2012 el Tribunal Internacional de Justicia determinó que Senegal había incumplido sus obligaciones impuestas por el Convenio contra la Tortura y que debía, sin dilación, juzgar a Habré o extraditarlo a Bélgica.