Hipólito nació en Ferrara, Italia, el segundo hijo del duque Alfonso I de Este y Lucrecia Borgia.

Por su madre, Hipólito y Ercole eran nietos del papa Alejandro VI.

Amante del lujo, renovó el Palazzo di San Francesco en Ferrara antes de su primer destino en la corte francesa.

Esta quedó reducida a su sobrio aspecto actual, muy alejado de su original lujo imperial.

Contrató también a Sebastiano Serlio en su palacio de Fontainebleau (l'hôtel du Grand Ferrare).

[1]​ Fue enterrado en la Iglesia de Santa Maria Maggiore (Tivoli), próxima a su villa.

Ataviado con mitra y vestiduras moradas, su cuerpo fue exhibido en la sala principal de Monte Giordano.