Fue encarcelado por Enrique VII de Inglaterra, pero volvió a recuperar su posición una segunda vez por escaso tiempo, hasta su muerte en una revuelta popular contra la política económica del rey.
Una vez liberado, pidió recibir la herencia que se le negó en su día, ahora en manos de Neville.
El rey Eduardo IV apoyó esta reclamación, haciendo renunciar al nuevo conde en 1470, aunque el parlamento no restauró el título en nombre de Henry Percy hasta 1473.
Percy mantuvo sus títulos, tierras y puestos, incluso se le encomendaron misiones diplomáticas de la corona, lo que suponía tener la confianza del rey.
Tuvieron ocho hijos: En abril de 1489, Percy se trasladó temporalmente a Yorkshire.