Un estudio reciente (Haber et al.2019) consideró varias posibilidades para el origen del haplogrupo D (CTS3946), incluyendo un origen asiático occidental y uno africano, finalmente el estudio se inclinó a favor de un origen africano y quizás provenga de África Oriental o África del Norte; con una antigüedad de unos 64,700 - 83,000 años.
Al igual que el haplogrupo C, se cree que D representa también la "gran migración costera" a lo largo del sur de Asia y es originaria de las poblaciones más antiguas en varias zonas del continente.
D1b (L1378): en Cebú (Filipinas) D1a1 (Z27276): principalmente en el Tíbet, extendido en Asia Oriental D1a2b (Y34637): en nativos de las islas Andamán D1a2a (M55): típico del Japón, destacan los ainu Según ISOGGG,[6] los subgrupos del haplogrupo D se ordenan del siguiente modo: D0 o D2 (A5580.2) fue identificado previamente como DE* en poblaciones africanas, lo que sería una señal del origen africano del haplogrupo D y de que la migración fuera de África de los humanos modernos estaría representada por los haplogrupos D1 y CF, mientras que D0 y E habrían permanecido en África.
La divergencia entre D-M174 y D0 habría sido entre hace 50 a 59 mil años atrás.
[7] D0 o D2 se ha encontrado en Nigeria,[3] Arabia Saudita y Siria[8] D1 (M174/Page30, Z1591) es típico del Asia Oriental, fue conocido simplemente como D desde 2002 y renombrado como D1 recientemente (2019).