Navegó desde Great Yarmouth el 9 de agosto, con un escuadrón bajo el mando del vicealmirante Archibald Dickson, que viajaba en el Monarch, con destino a Dinamarca.
Al día siguiente, el escuadrón entero avanzó hasta la desembocadura del estrecho, donde los daneses habían anclado tres naves de 74 cañones.
Después de que la guerra con Francia se reanudara en 1803, el HMS Polyphemus volvió al servicio en activo bajo el mando del capitán Robert Redmill, viajando hasta Gibraltar, donde se unió al escuadrón que lideraba el almirante John Orde.
El San José, que navegaba desde La Guaira hasta Cádiz con un cargamento de índigo, cacao, cochinilla y algodón.
[11][12] Otro fue el Santo Cristo, que también regresaba a Cádiz desde Montevideo con un cargamento de pieles y cobre.
Era una fragata de 40 cañones que sólo llevaba a bordo 14 marineros y navegaba desde Perú vía México hasta La Coruña cuando fue capturada.
Con 484 hombres a bordo, el balance de la batalla en el HMS Polyphemus se cobró 2 muertos y 4 heridos.
Los franceses lograron capturar dos de los buques mercantes británicos y otros cuatro de la flota francesa persiguieron al Sirius durante varias horas, sin éxito, lo que llevó a que se separara del convoy.
Una semana más tarde consiguió otra captura, en esta ocasión del San Pablo, que navegaba desde Veracruz y llevaba un valioso cargamento.
Un destacamento de marines del Polyphemus sirvió en la costa en la Brigada Anticipada durante el desastroso ataque a Buenos Aires.