Sirvió durante más de treinta años hasta 1845, año en que es desguazado en Ferrol.

Sin embargo, a su regreso hacia Cádiz, se desató una tormenta que impidió el buen final de la misión.

Mientras que el Santa Ana consiguió llegar a duras penas a puerto, desarbolado, el Neptuno fue arrastrado contra la costa, hundiéndose en las cercanías del Castillo de Santa Catalina.

Se encuentra faenado allí en 1808, cuando estalla la Guerra de la Independencia Española.

En 1834 sufre conatos de desobediencia en la marinería, al levar anclas hacia España, sin mayor incidencia en el destino del buque.